El municipio de Los Santos se encuentra ubicado en la Cordillera oriental, sus fuentes hídricas más representativas es el Río Chicamocha el cual le sirve de límite con el municipio de Aratoca, el Río Sogamoso con el municipio de Zapatoca y la quebrada La Honda con el municipio de Girón y Piedecuesta, Las Quebradas Santera, El Potrero, La Mojarra y Los Angelinos entre otras.
Los principales ríos que conforman la red hidrográfica de la zona son Chicamocha y Sogamoso, los cuales pertenecen a la gran cuenca del Magdalena.
Los bosques de galería más relevantes están ubicados en unos sectores del Río Sogamoso y Chicamocha, al igual que al margen de la Quebrada La Honda, Santera y Mojarra, sin embargo en algunos tramos su estado de conservación no es el más optimo debido a diferentes factores entre los cuales podemos citar la actividad humana y el inadecuado uso del suelo.
La parte restante del municipio se encuentra repartido entre rastrojos bajos como en la vereda Espinal y Guamito y gran parte de las veredas Llanadas y La Loma; Pajonales En La Vereda Rosablanca, El Tabacal y Rosablanca donde cubren una porción relativamente amplia, cultivos semipermanentes de tabaco, maíz, y fríjol entre otros. Además zonas de pasto natural mejorado para la ganadería.